В ході лікування бактерії набувають один або кілька генів шляхом мутацій або придбанням цього гена в іншого мікроба. Такі бактерії можуть розмножуватися неконтрольовано і передавати гени стійкості, що і утруднить лікування інфекції.
До сих пір вчені концентрували дослідження на кишечнику. Останнє дослідження показує, що різні ділянки тіла несуть різну кількість і види стійких до антибіотиків бактерій.
Вивчення послідовності ДНК з різних мікробіомів тіла дозволило зробити огляд всього генетичного матеріалу, який порівняли з тисячами генів, що викликають стійкість. Так були виявили гени у окремих видів бактерій і бактеріальних спільнот в роті і шлунку людини.
Оскільки популяції бактерій в роті і шлунку майже повністю відрізняються один від одного, то і різні фактори викликають резистентність до антибіотиків. Стало зрозуміло, які гени стійкості присутні і як швидко вона поширюється по спільноті. Це може показати, які антибіотики слід використовувати або уникати при лікуванні індивідуальної інфекції.
Чому існують відмінності в кількості і видах бактерій, стійких до антибіотиків, невідомо. Можливо, тому, що кишечник піддається впливу «подвійної дози» антибіотиків і стійкість там розвивається швидше.
Ще потрібно вивчити мікробіом різних ділянок тіла і ці результати можуть наблизити до розуміння того, як запобігти поширенню небезпечної стійкості.