Дослідники з Каролінського інституту Швеції розробили новий і недорогий метод, який може ідентифікувати високогетерогенні пухлини з дуже агресивною тенденцією розвитку. Такі її види вимагають більш агресивного лікування.
Дана методика представлена у науковому журналі Nature Communications .
Спільною рисою ракових клітин є зміна кількості копій, в яких кожна хромосома або ген присутній в геномі. Це явище відоме, як зміна числа копій (або CNA).
Клітини всередині пухлини, що належать до різних анатомічних її частин, можуть нести різні копії. Новоутворення з багатьма з них, як правило, дуже агресивні і мають тенденцію повертатися частіше, навіть після жорсткого лікування.
В даний час лабораторія Каролінського інституту розробила новий геномний метод, який вчені назвали CUTseq. Він може оцінювати кількість і тип CNA у багатьох різних частинах однієї і тієї ж пухлини і робить це набагато дешевше, ніж існуючі технології.
За словами старшого наукового співробітника відділу медичної біохімії і біофізики та одного з провідних авторів статті Ніколо Крозетто, вчені очікують, що CUTseq знайде багато корисних застосувань в діагностиці раку.
Багаторівневе секвенування пухлин буде все частіше використовуватися в діагностичних цілях для виявлення пацієнтів з высокогетерогенними пухлинами, які необхідно лікувати більш агресивно. Цей метод може зіграти провідну роль.
Згідно з методикою, він працює з ДНК, витягнутої з декількох біопсій і навіть із дуже маленьких частин зрізів тонкої тканини.
Шляхом позначки ДНК, виділеної з декількох областей одного і того ж зразка пухлини унікальними молекулярними штрих-кодами, можна отримати вичерпну картину гетерогенності CNA в пухлині за допомогою одного експерименту з секвенування.
При цьому автори нового методу застосовують CUTseq не тільки для діагностики раку. Його, наприклад, можна використовуватися в якості платформи для аутентифікації клітинних ліній та для моніторингу стабільності геному у великих сховищах клітинних ліній і біобанках, зазначила Магда Бієнко, старший науковий співробітник відділу і другий провідний автор.
Метод також знагодиться в сфері екології в якості альтернативи іншим методам секвенування генома зі зниженою репрезентацією для оцінки біорізноманіття, тим більше, що він економічно ефективний.
