Про першу появу афантазії стало відомо нещодавно. Хоча, після того як ця тема набула популярності в ЗМІ, до наукових фахівців почала звертатися величезна кількість людей, що скаржились на відсутність фантазії. Тому британські дослідники зібрали групу людей з афантазією і провели аналіз їх мозку за допомогою МРТ (магнітно-резонансної томографії). Учасники повинні були представити особу когось із рідних чи щось інше. Виявилося, що ділянки мозку, відповідальні за візуалізацію, не були активні, як це відбувається у фантазерів.
Нейрофізіологам поки не вдалося встановити причину виникнення афантазіі. Передбачається тільки, що вона, скоріше всього, вроджена чи набута.